首先要有董事会或股东会决议注销分公司，根据这个决议由纳税评估人员制作《纳税评估报告》，这个是税务局内部文书，纳税人看不到的，经分管领导签字后就可以办理注销手续，强调一下，是要查账的，但不是清算分公司的所得，而是稽核分公司相关的税费有没有交足，有无违章未处理，有无拖欠税款，分公司不是法人机构，是不需要出具清算报告的。分公司注销登记应提交的文件、证件如下：

第一《企业注销登记申请书》；

第二《指定（委托）书》；

第三依照《公司法》作出的决议或决定或行政机关责令关闭的文件或法院的破产裁定；

第四股东会或有关机关确认的清算报告；

第五三次注销公告报样（第一次公告之日起90日后，方受理您的注销申请）；

第六税务部门出具的完税证明；

第七《企业法人营业执照》正、副本。

《公司法》第一百八十八条公司注销

公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。

注销分公司的损失如何申报扣除

网友提问：我公司在外地有一个分公司，所得税实行汇总申报。在分公司关闭过程中的资产损失如何申报

回答：《国家税务总局关于印发（跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法）的通知》（国税发［2008］28号）第14条规定，撤销的分支机构，撤销当年剩余期限内应分摊的企业所得税款由总机构缴人中央国库。

第35条规定，分支机构注销后15日内，总机构应将分支机构注销情况报主管税务机关备案。

第36条规定，总机构及其分支机构除按纳税申报规定向主管税务机关报送相关资料外，还应报送《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》、财务会计决算报告和职工工资总额情况表。

第37条规定，分支机构的各项财产损失，应由分支机构所在地主管税务机关审核并出具证明后，再由总机构向所在地主管税务机关申报扣除。