1、专业性不同

代理公司代理申请专业、更省力，保证发明人或者合法受让人正确地办理取得和维持专利权的各种法定手续。

如果申请人不熟悉专利的法律规定及怎样申请专利，又不委托专利代理人，就不能有效地维护自己应有的权利，甚至会丧失本应该得到的权利。

2、文件撰写质量不同

国家专利局对申请文件的格式有比较严格的要求，如果文件不符合要求，会被要求补正。撰写权利要求必须用专门的法律语言，准确地限定保护范围。在整个专利申请中，还要注意遵守引起不利法律后果的各种限制。

自己申请专利不仅需要及时正确地完成法律规定的撰写手续和要求，还需要懂得有关发明的技术知识，掌握专利法的规定和实质，熟悉专利业务，具备专门从事这些工作的时间和精力。

2、花费成本不同

个人办理路途辛苦，费时费力，而且受理速度一般不如代理公司，耗费的综合成本比请代理公司代理高。

代理公司申请专利因为熟悉流程，操作起来更加省时省力。

法律规定：

《专利法》第十九条：在中国没有经常居所或者营业所的外国人、外国企业或者外国其他组织在中国申请专利和办理其他专利事务的，应当委托依法设立的专利代理机构办理。中国单位或者个人在国内申请专利和办理其他专利事务的，可以委托依法设立的专利代理机构办理。专利代理机构应当遵守法律、行政法规，按照被代理人的委托办理专利申请或者其他专利事务；对被代理人发明创造的内容，除专利申请已经公布或者公告的以外，负有保密责任。专利代理机构的具体管理办法由国务院规定。