对环境行政合同的适用范围也有不同的看法，大多数学者都认为环境行政合同的适用于防治环境污染和生态破坏领域，也有的学者有不同看法，认为环境法是一个广泛的概念：环境法是调整因开发、利用、保护和改善环境而产生的各种社会关系的法律规范的总称。自然资源法是调整人们在自然资源的开发、利用、保护和管理过程中所发生的各种社会关系的法律规范的总称，尽管环境法和自然资源法在保护对象、特征、调整方法等方面具有共同点，但是二者在调整调整对象、保护对象的范围、调整社会关系的原则、任务和目的等方面存在不同之处。所以，设立了环境保护外部行政合同制度并不包括自然资源开发利用、保护和管理过程中采取的行政合同制度。那么，到底有没有必要对环境行政合同再针对污染防治领域和自然资源保护领域再作分类?可不可能建立整个环境法领域都适用的行政合同制度?

环境行政合同制度随着环境法的发展而发展。前文我们提提到，环境行政合同制度发轫于日本的公害防止协定，为什么会是在公害防治领域首先出现环境行政制度，这是由当时日本环境问题的特点和环境法的发展阶段决定的。而随着环境问题的发展和人们认识、解决环境问题水平的提高，环境法与自然资源法能够融合构成我国法律体系中的一个法律部门，是由环境法与自然资源法共同具有的内在、本质的客观实在因素所决定的。这些因素包括环境法与自然资源法具有共同自然属性的法律保护客体——环境和资源，具有统一社会属性的法律调整对象——生态经济社会关系，以及具有相互融合的法律调整方法——现代立法模式。传统意义的环境保护和自然资源保护活动已经越来越难以区分，往往是你中有我，我中有你，交织综合在一起。实际上，随着环境法领域的扩展和解决环境问题手段的日益灵活多样，有些学者从解决环境问题的不同阶段的任务分配与执行措施将环境法分为预防法、管制法和救济法。

环境行政合同制度作为一项既具有行政管制色彩又充分调动行政相对人积极性、主动性、参与性的法律制度，在环境法各个领域、各种环境管理活动中都有运用，所以，从环境法的发展趋势来看，不宜对环境行政合同再根据污染防治和自然资源保护领域再作划分，实际上，从目前环境行政合同运用的情形看，也不可能作清晰的划分。环境行政合同作为一项新型环境管理行政手段，对整个环境法领域都是适用的。