根据《证券法》第八十九条、第九十条规定，协议收购的程序如下：

(1)以协议方式收购上市公司时，达成协议后，收购人必须在3日内将该协议向国务院证券监督管理机构及证券交易所做出书面报告，并予公告;

(2)在未做出公告前，不得履行收购协议;公告内容与要约收购基本相同;

(3)采取协议收购方式的，收购人可以依照法律、行政法规的规定向被收购公司的股东以协议方式进行股权转让;

(4)协议双方可以临时委托证券登记结算机构保管协议转让的股票，并将资金存放于指定的银行;

(5)收购结束后，收购人应当在15日内将收购情况报告中国证监会和证交所，并予以公告。

(6)协议收购公司挂牌交易的股票可能导致对公司的实际控制权的应按照特别程序进行。