不是行政处罚。责令限期整改是指除要求违法行为人立即停止违法行为外，还必须限期采取改正措施，消除其违法行为造成的危害后果，恢复合法状态。行政机关实施行政处罚时应当责令改正或者限期改正违法行为。也就是说“责令限期整改”不属于行政处罚，而是行政机关在实施行政处罚时必须采取的行政措施。

责令限期整改指令书整改完还罚款吗？

责令限期整改指令书整改完罚款要分情况而定。如果整改之前没罚款，那么整改之后如果确实符合要求了，是可以不罚款的。这不仅需要要认真整改，而且还要有一个积极的态度，多多与检查部门沟通汇报。如果是在限内还没有整改，就会有处罚的。纳税人未按规定办理税务登记，税务机关责令限期改正，可以处以2000元以下罚款；情节严重的，处以2000元以上10000元以下罚款。

《中华人民共和国行政处罚法》

第九条行政处罚的种类：（一）警告、通报批评；（二）罚款、没收违法所得、没收非法财物；（三）暂扣许可证件、降低资质等级、吊销许可证件；（四）限制开展生产经营活动、责令停产停业、责令关闭、限制从业；（五）行政拘留；（六）法律、行政法规规定的其他行政处罚。

第二十八条行政机关实施行政处罚时，应当责令当事人改正或者限期改正违法行为。当事人有违法所得，除依法应当退赔的外，应当予以没收。违法所得是指实施违法行为所取得的款项。法律、行政法规、部门规章对违法所得的计算另有规定的，从其规定。