一、超过行政处罚时效的案件是否立案

超过行政处罚时效的案件不会再立案。对于行政违法行为，在行政处罚时效期限内没有被发现的，不再给予处罚。

但如果是已经发现违法行为，违法人逃避处罚的，不适用处罚时效的规定。

《行政处罚法》第二十九条

违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚。法律另有规定的除外。前款规定的期限，从违法行为发生之日起计算；违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。

二、行政处罚实施机关按照一般程序该如何进行

行政处罚的一般程序包括立案调查程序和审查决定程序。

1．立案调查：立案是一般程序的开始阶段，先立案后查处，应当是行政处罚程序的最初要求。调查则是查明案件事实的手段，目的在于获得可以证明案件事实的各种证据。

2．审查决定：案件调查结束后，行政机关应就所取得的事实和证据进行分析判断，作出行政处罚的决定。作出处罚决定之前，行政机关应当将拟作出的行政处罚决定的事实、理由和依据告知当事人，并应告知当事人依法享有的陈述权和申辩权。

三、有哪些法律规定可以保护行政处罚的合法性

可以保护行政处罚的合法性的法律规定如下：

1．必须查明事实；违法事实不清的，不得给予行政处罚。

2．告知当事人作出行政处罚决定的事实、理由及依据，并告知当事人依法享有的权利。

3．充分听取当事人的意见，对当事人提出的事实、理由和证据，应当进行复核；当事人提出的事实、理由或者证据成立的，行政机关应当采纳。

《中华人民共和国行政处罚法》（2021修正）：第四章　行政处罚的管辖和适用 第二十九条　对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。同一个违法行为违反多个法律规范应当给予罚款处罚的，按照罚款数额高的规定处罚。