按照企业会计准则及其应用指南相关规定，由于自然灾害等原因造成的在建工程报废或毁损，减去残料价值和过失人或保险公司等赔款后的净损失，借记营业外支出——非常损失科目，贷记在建工程——建筑工程、安装工程等科目。由于设计原因导致工程报废的会计处理可以参照该规定，但应注意取得充足的证明资料作为附件备查。

税务方面，按财政部、国家税务总局《关于企业资产损失税前扣除政策的通知》（财税[2009]57号）规定：对企业毁损、报废的固定资产或存货，以该固定资产的账面净值或存货的成本减除残值、保险赔款和责任人赔偿后的余额，作为固定资产或存货毁损、报废损失在计算应纳税所得额时扣除。

但企业对其扣除的资产损失，应当提供能够证明资产损失确属已实际发生的合法证据，包括具有法律效力的外部证据、具有法定资质的中介机构的经济鉴证证明、具有法定资质的专业机构的技术鉴定证明等。

按照国家税务总局《企业资产损失税前扣除管理办法》（国税发[2009]88号）规定，公司报废在建工程报废属于须经税务机关审批后才能扣除的资产损失。按规定企业发生的该资产损失，应在按税收规定实际确认或者实际发生的当年申报扣除，不得提前或延后扣除。因各类原因导致资产损失未能在发生当年准确计算并按期扣除的，经税务机关批准后，可追补确认在损失发生的年度税前扣除，并相应调整该资产损失发生年度的应纳所得税额。企业发生的资产损失，按本办法规定须经有关税务机关审批的，应在规定时间内按程序及时申报和审批。