收购企业支付对价的形式包括股权支付、非股权支付或两者的组合。不管是收购企业还是被收购企业，二者在进行税务处理时都会涉及企业所得税的问题。按照《企业所得税法》的规定，股权收购行为中收购方是股权投资行为，涉及其长期股权投资资产计税基础的确定；被收购方是转让股权行为，涉及长期股权投资转让所得或损失。

1、对收购企业来说，其投资计税成本的确定与其他资产一样，按照实际发生的历史成本确定。

《企业所得税法实施条例》规定，投资资产，是指企业对外进行权益性投资和债权性投资形成的资产。企业在转让或者处置投资资产时，投资资产的成本，准予扣除。其中，通过支付现金方式取得的投资资产以购买价款为成本；通过支付现金以外的方式取得的投资资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为成本。

2、对被收购企业来说，其股权转让计算所得时只允许扣除投资成本，转让股权时随同转让的税后未分配利润、各项资本公积等留存收益，除企业清算外，不得扣除。

《企业所得税法实施条例》规定，投资方企业从被清算企业分得的剩余资产，其中相当于从被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中应当分得的部分，应当确认为股息所得。股权转让所得是指股权转让价减除股权成本价后的差额。如被持股企业有未分配利润或税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。

3、根据规定，收购企业的投资损失可以在税前扣除，不再需要结转扣除。

企业发生的资产损失，应在按税收规定实际确认或者实际发生的当年申报扣除，不得提前或延后扣除。因各类原因导致资产损失未能在发生当年准确计算并按期扣除的，经税务机关批准后，可追补确认在损失发生的年度税前扣除，并相应调整该资产损失发生年度的应纳所得税额。调整后计算的多缴税额，应按照有关规定予以退税，或者抵顶企业当期应纳税款。企业对外进行权益性投资所发生的损失，在经确认的损失发生年度，作为企业损失在计算企业应纳税所得额时一次性扣除。

企业重组的税务处理区分不同条件分别适用一般性税务处理规定和特殊性税务处理规定。企业重组，除符合本通知规定适用特殊性税务处理规定的外，企业股权收购重组交易，相关交易应按以下规定处理。第一，被收购方应确认股权、资产转让所得或损失。第二，收购方取得股权或资产的计税基础应以公允价值为基础确定。第三，被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。