吴某(男)与谭某(女)1999年结婚，2001年谭某生一男孩。后吴某发现谭某与一男子从婚前就保持不正当男女关系，为此吴某向法院起诉离婚。因怀疑孩子非自己亲生，吴某向法院申请进行亲子鉴定，法院通知谭某后，谭某拒不配合。

对吴某的申请如何处理我们的意见如下：

根据保护妇女儿童的合法权益，维护家庭关系的稳定，有利于社会发展的原则来综合判定。

第一，如果子女在婚姻关系存续中出生，只要父母有合法婚姻关系，子女即应视为婚生。目的在于安定身份关系，维护儿童的合法权益。因此亲子鉴定应以双方自愿为原则，不能强制进行。

第二，申请鉴定的一方应当完成相当的证明义务。亲子鉴定涉及到夫妻双方、子女和他人的人身关系和财产关系，因此在一方拒绝做亲子鉴定的案件中，提出鉴定主张的一方应当承担与其主张相适应的证明责任。否则，可能导致权利滥用，不利于家庭关系的稳定和被申请人隐私的保护。

第三，亲子关系的推定仅适用于非婚生子女请求确认亲子关系，父母一方否认，但既无其他相反证据，又拒绝做亲子鉴定的情形。之所以如此，是因为非婚生子女因亲子关系的缺失而无法享受与婚生子女同等的权利，从而影响了社会安定与进步。为保护非婚生子女的合法权益，维护社会的稳定，才适用亲子关系的推定。

就本案来说，男孩出生于吴某与谭某合法婚姻关系存续期间，吴某既提供不出相应的证据，谭某又不予配合，因此，既不能强制进行亲子鉴定，也不能以谭某不予配合为由推定与吴某不存在亲子关系，男孩应视为吴某亲生。