在各类组织里，有各种不同的管理控制系统。一个设计合理的管理控制系统主要关注对象是那些负责和控制资源分配的管理者们。具体地说，组织中的每个管理领导者应该负责一个单位，其责任是要完成某些达成共识的任务，以帮助整个组织实现更多的战略目标。从管理控制系统结构的视角来看，一个组织可以看作是由若干个责任中心组成的网络。

责任中心可以有多种多样的形式。总的来说，主要有五种类型：收入中心、标准费用中心、可支配费用中心、利润中心以及投资中心。

对于企业的管理者来说，应该本着设计出来的结构能够使参与管理的人对他们所负责项目能够有合理的控制力的原则设计责任中心。一个公司的管理控制结构对中层和底层管理者来说能够提供很强大的动力，所以在设计责任中心时还应考虑到公司管理者目标一致化的问题，否则将给企业的管理带来很大的麻烦。

在实际工作中有时管理控制过程是由正式的程序和正规的流程组成的，但有时它也不正式。但在大部分组织里，一般有规划、预算、运转和衡量、报告这几个阶段。即组织制定决策所依赖的一整套合理规划的活动，这些决策设计产品的种类和数量，在下阶段组织期望提供的服务以及生产产品的资源等。在每个预算年度，实际经营效果(收入和费用)的记录都会被保存下来，而且大部分组织都会编制中年度经营成果报告，以供高层和中层管理者决定是否需要采取纠正性行动。在每一个阶段都会有相应的衡量指标。

有的组织会发现管理控制过程的衡量和报告阶段经常处于修正之中。因为在这些组织中高层和中层管理者所需要的信息不仅在各个部门不相同，甚至会经常性地改变。除此之外，如果组织持续地进行成本消减，整个管理控制系统也要随着管理者需要的改变不断调整。