一、可以单独签订股权质押协议吗

可以单独签订股权质押协议。

股票质押率最高不能超过60%，质押率是贷款本金与质押股票市值之间的比值。

《中华人民共和国民法典》第四百四十一条【有价证券出质的质权的设立】以汇票、本票、支票、债券、存款单、仓单、提单出质的，质权自权利凭证交付质权人时设立;没有权利凭证的，质权自办理出质登记时设立。法律另有规定的，依照其规定。

第四百四十二条【有价证券出质的质权的特别实现方式】汇票、本票、支票、债券、存款单、仓单、提单的兑现日期或者提货日期先于主债权到期的，质权人可以兑现或者提货，并与出质人协议将兑现的价款或者提取的货物提前清偿债务或者提存。

二、股权质押之后谁来行使股东权利

股权质押又称股权质权，是指出质人以其所拥有的股权作为质押标的物而设立的质押。按照目前世界上大多数国家有关担保的法律制度的规定。

一般观点认为，以股权为质权标的时，质权的效力并不及于股东的全部权利，而只及于其中的财产权利。换言之，股权出质后，质权人只能行使其中的受益权等财产权利，公司重大决策和选择管理者等非财产权利则仍由出质股东行使。