哺乳期协议离婚是合法的。妇女在哺乳期间，双方可以选择协议离婚；但是，如果是诉讼离婚，妇女在分娩后一年内不得提出离婚；但是，女方提出或者女方有重大过错的，人民法院认为有必要受理男方离婚请求的除外。根据法律规定，女方在怀孕期间、分娩后一年内或者终止妊娠后六个月内，男方不得提出离婚；但是，女方提出离婚或者人民法院认为确有必要受理男方离婚请求的除外。

哺乳期协议离婚两个孩子怎么分配

双方如果是协议离婚，则应当就子女抚养问题作出一致约定，并将约定内容载明于书面的离婚协议书中。待离婚后，双方就子女抚养关系问题应当按照离婚协议中的约定履行。双方可以约定由一方直接抚养子女，另一方按期或一次性支付抚养费，离婚时应当确定负担费用的多少和期限的长短；也可以约定轮流抚养子女。

《中华人民共和国民法典》第一千零八十二条女方在怀孕期间、分娩后一年内或者终止妊娠后六个月内，男方不得提出离婚；但是，女方提出离婚或者人民法院认为确有必要受理男方离婚请求的除外。