非营利性医疗机构属于税法规定的符合条件的非营利组织，其取得的收入(不包括从事营利性活动取得的收入)为免税收入。

非营利性医疗机构和营利性医疗机构需要书面向卫生行政主管部门申明其性质，按《医疗机构管理条例》进行设置审批和登记注册，并由接受其登记注册的卫生行政部门核定，在执业登记中注明“非营利性医疗机构”或“营利性医疗机构”。

非营利性医疗机构按照国家规定价格取得的医疗服务收入，免征各项税收(仅指机构自身的各项税收，不包括个人从医疗机构取得所得应纳的个人所得税，下同)；不按照国家规定价格取得的医疗服务收入，不得享受此项税收优惠政策。地方税收优惠政策包括：营业税、房产税、城镇土地使用税等。

医疗服务是指医疗服务机构对患者进行检查、诊断、治疗、康复和提供预防保舰接生、计划生育方面的服务，以及与这些服务有关的提供药品、医用材料、器具、救护车、病房住宿和伙食的业务(下同)。

但是，非营利性医疗机构从事非医疗服务取得的收入，如租赁收入、财产转让收入、培训收入、对外投资收入等应按规定征收各项税收；非营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，应按国家规定征收各项税收。