1、享有权利的主体不同。申诉是指没有上诉权的当事人及其法定代理人对已经发生法律效力的判决、裁定、调解，认为确有错误，向原审人民法院和上级人民法院提出的重新处理的一种诉讼请求。《刑事诉讼法》第108条第2款、3款规定，“被害人对侵犯其人身、财产权利的犯罪事实或者犯罪嫌疑人，有权向公安机关、人民检察院或者人民法院报案或者控告。公安机关、人民检察院或者人民法院对于报案、控告、举报，都应该接受。对于不属于自己管辖的，应当移送主管机关处理，并且通知报案人、控告人、举报人;对于不属于自己管辖而又必须采取紧急措施的，应当先采取紧急措施，然后移送主管机关。”由此可以得出控告人是被害人及其近亲属或其诉讼代理人。

2、提出的时间不同。申诉人应当是原审当事人、法定代理人、近亲属。申诉是一种补救措施，只发生在判决结果生效以后。控告的目的在于要求依法予以惩处的行为。控告发生在判决以前。

3、针对的对象不同。申诉是事后的补救，申诉的对象是对已经发生法律效力的判决、裁定或者调解。在申诉期间，原判决、裁定不停止执行。如发现申诉有理的，由法院院长提交审判委员会讨论决定是否再审。控告是指向司法机关揭露违法犯罪事实或犯罪嫌疑人，控告的对象是犯罪事实或者犯罪嫌疑人。