在举证责任的承担上，民事诉讼部分的举证责任实行“谁主张，谁举证”，不受行政诉讼法中被告负主要举证责任原则的约束，行政主体仅就其被诉具体行政行为的合法性承担举证责任。民事诉讼的第三人往往会与行政诉讼的被告在举证内容上发生重合，甚至于第三人代替行政诉讼的被告就相关问题举证，在此情形下，民事诉讼第三人出示的证据不得成为行政诉讼被告的证据，证明被诉具体行政行为的合法性，民事诉讼与行政诉讼的举证责任不可发生转移。但是行政诉讼被告提交的证据如与民事诉讼的第三人需要承担举证责任的内容发生重合或者有补充意义，则可以成为民事诉讼部分的证据。

在诉讼权利上，民事诉讼部分当事人之间可以调解、和解，被告有权提出反诉等，不受行政诉讼法相关规定的限制。

在审判组织上，应当适用同一审判组织。在目前行政诉讼法没有修改，所有行政案件均由合议庭审理的情况下，行政附带民事诉讼案件应组成合议庭，对行政部分与民事部分一并审理。

在行政诉讼的起诉期限与民事诉讼的诉讼时效冲突上，应当同时满足两种争议对时限的规定，即行政诉讼未超过行政诉讼法规定的起诉期限，民事诉讼也未超过民事诉讼法规定的诉讼时效。对于行政诉讼已超过行政诉讼的起诉期限但民事诉讼未超过民事诉讼时效的，当事人可以单独提起民事诉讼。反之亦然。

在审理期限上，行政附带民事诉讼的行政诉讼部分必须在行政案件审理期限内审结，民事诉讼部分适用民事案件审理期限，均自各诉讼立案之日起计算。由于附带诉讼本身是出于诉讼经济的角度考虑作出的制度设计，故在审理期限上也应有所体现，即除非附带的民事案件具有案件重大、复杂、疑难的情形，一般应与行政案件一并审结。

在判决时，一般应对行政诉讼和民事诉讼部分一并判决，制作一份判决书，特殊情况下也可以将民事部分分开审理，单独判决或者调解结案。

在上诉时，如果当事人就行政部分和民事部分一并提出上诉，应当一并审理。如仅就判决书中的行政判决部分或者民事判决部分单独提出上诉，应当视为其接受另一部分判决内容，没有必要在二审中再行审理，相应的案件当事人可以退出案件诉讼。二审只需在裁判文书中对此予以交代即可。

在二审案件的审查中，有人主张对整个案件进行全面审查，发现另一部分有错误的，应通过审判监督程序予以纠正。笔者以为应当区别当事人放弃的部分是行政部分还是民事部分作不同处理。如果当事人放弃的是民事判决部分的上诉权，因民事判决对行政判决的结果没有影响，且当事人放弃的民事权利是其可以自行处分的权利，故没有必要对民事部分再行审查;如果当事人放弃的是行政判决部分，因行政判决对民事判决的正误有直接影响，且由于行政行为本身属于国家公权力的行使结果，对违法的行政行为应当运用公权力积极进行纠正，故二审可以对行政部分一并进行审查，即进行全面审查，如发现行政判决有误，可以先中止二审民事案件的审理，启动审判监督程序先行纠正该错误判决后，再行恢复审理二审的民事部分。