如果人民检察院对当事人作出法定不起诉、证据不足不起诉决定的，一般是不会留下案底的。如果犯罪嫌疑人不是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉，而是因犯罪情节轻微或具有《刑事诉讼法》第十六条规定的情形之一而被不起诉的，是可能留下案底的。

公诉中不起诉的程序有哪些

公诉中不起诉的程序有：

1、制作不起诉决定书。

2．不起诉决定书的宣布和送达。

3．解除扣押、冻结。

4．移送有关主管机关处理。

5．对公安机关的意见进行复议、复核。

6．对被害人、被不起诉人的申诉进行复查。

《刑事诉讼法》第十六条

有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：

（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；

（二）犯罪已过追诉时效期限的；

（三）经特赦令免除刑罚的；

（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；

（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；

（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。