户籍转移时新农村合作医疗并不会一并转移。户籍转移手续由公安机关操作、处理，只是针对当时人户籍关系的转移；新农村合作医疗是在当地社保机构的参保，公安机关的户籍管理并不直接掌握这一信息，且不属于其业务范围。因此新农村合作医疗并不会随同当事人户籍关系的转移而转移，需要时当事人应到当地社保机构办理转移手续。

户口迁移有效期过了会怎么办

对持有过期户口迁移证的公民，假如符合现行户口迁移政策的，经过迁入地公安派出所调查核实，可以签注延期意见后落户；如果不符合现行户口迁移政策的，原迁出地公安机关凭借着迁入地公安派出所出具的未落户证明和户口迁移证原件，为其恢复户口。

《中华人民共和国户口登记条例》第六条公民应当在经常居住的地方登记为常住人口，一个公民只能在一个地方登记为常住人口。