医疗纠纷赔偿协议，只要符合法律规定，出于双方自愿，那么该赔偿协议就是合法有效的。依据《医疗事故处理条例》第四十七条的规定，当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。

医疗纠纷赔偿协议书范本

医疗赔偿协议书：1甲方：（医疗机构）、乙方：（患方），甲乙双方根据《医疗事故处理条例》之规定，经协商，在完全自愿的情况下达成如下协议：

2、患者基本情况：姓名、年龄、性别、籍贯、住址、身份证号、住院号、疾病诊断、治疗结果；3、方共同认定的医疗事故等级；4、医疗事故原因；5、赔偿数额；6、违约责任；7、其他。

第四十八条已确定为医疗事故的，卫生行政部门应医疗事故争议双方当事人请求，可以进行医疗事故赔偿调解。调解时，应当遵循当事人双方自愿原则，并应当依据本条例的规定计算赔偿数额。

经调解，双方当事人就赔偿数额达成协议的，制作调解书，双方当事人应当履行；调解不成或者经调解达成协议后一方反悔的，卫生行政部门不再调解。