双方的基金回购协议不一定属于违法行为。如果基金回购协议是当事人依法订立的，不违反法律、行政法规的强制性规定的，就是合法的。公司也可以回购股份，但要依法转让或者及时注销。

一、对非法股份回购的法律救济是怎样的

当发生非法股份回购行为时，公司的董事应对公司承担连带赔偿责任。董事对公司经理以及其他业务人员负有监视、监督义务。因此，对于事后被认定为有效的回购行为，因董事的行为终究为违法行为，当该行为给公司带来损失时，应对公司的全部损失承担连带损害赔偿责任。如果在非法股份回购中，董事存有恶意或重大过失时，还应对公司债权人负赔偿责任。

二、公司股权回购具体条件

对股份有限公司而言，在四种情况下可以回购股东股权：

1、减少公司注册资本;

股份有限公司想要减少公司注册资本，股东可以向股权转让给公司，让公司进行回购。

2、与其他持有本公司股权的公司合并;

必须是与其他持有本公司股权的公司合并时，公司才可以回购股东股权。

3、股份奖励给公司职工;

回购的股东股权必须奖励给本单位职工。

4、股东对股东大会作出的合并、分立决议持有异议。

股东对股东大会作出合并、分立的决议不能认可，可请公司回购所持有的股权。

三、减资是否属于股权回购？

1、股权回购并不一定引起注册资本减少，大多数情况下只是股东之间转让股权导致持股比例变化。2、减资必然引起注册资本减少，但股东之间股权比例不一定会变化。3、公司因减少公司注册资本回购的股票：应当自收购之日起十日内注销。4、公司因将股份奖励给本公司职工所回购的股票，应在一年内转让给职工。