农村征地补偿款纠纷应该以土地承包经营权纠纷或是农村土地承包合同纠纷为案由立案。

土地承包经营权纠纷，在其项下又分为土地承包经营权确认纠纷和承包地征收补偿费用分配纠纷四级案由，前述8种类型的矛盾纠纷的前7种即确定为此类案由。

村土地承包合同纠纷，在其项下又分为土地承包经营权转包合同纠纷、土地承包经营权转让合同纠纷、土地承包经营权互换合同纠纷等5种四级案由。

二、农村征地补偿纠纷法院是否受理

农村征地补偿纠纷如果是属于对征收、征用决定及其补偿决定不服的法院会受理。根据法律规定，人民法院受理公民、法人或者其他组织提起的下列诉讼：对行政机关作出的关于确认土地、矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂、海域等自然资源的所有权或者使用权的决定不服的；对征收、征用决定及其补偿决定不服等等。

如何正确处理农村征地补偿纠纷？

法律处理方式主要有行政诉讼、行政复议、行政复议裁决、民事诉讼、征地补偿协调、裁决等方式，根据个案的不同特点应当启动不同的法律程序。

1、征地纠纷行政复议

行政复议：是指公民、法人或者其他组织不服行政主体作出的具体行政行为，认为行政主体的具体行政行为侵犯了其合法权益，依法向法定的行政复议机关提出复议申请，行政复议机关依法对该具体行政行为进行合法性、适当性审查，并作出行政复议决定的行政行为。是公民，法人或其他组织通过行政救济途径解决行政争议的一种方法。

2、征地纠纷行政诉讼

行政诉讼是指公民法人对具体行政行为不服而向人民法院起诉，有人民法院进行审理并作出判决、裁定的司法程序。

3、征地纠纷中的民事诉讼。

在征地纠纷中，大多数进行的诉讼属于行政诉讼，民事诉讼时为数不多的，但是并不是所有的程序都要走行政诉讼，有时候也可以走民事诉讼的程序，如对于非法占地的行为，从民事角度考虑我们可以起诉民事侵权，要求停止侵害、赔偿损失、恢复原状。对于已经签订征地补偿协议，如果该协议签订过程中存在胁迫等手段，则从民事诉讼的角度起诉撤销该协议。总而言之办案子要开动脑筋不能死盯住行政诉讼，如果民事诉讼对我们更有利的话，则就应该设法走民事诉讼的程序。在征地纠纷中常发生的民事纠纷有：征地补偿协议纠纷；土地侵权纠纷；土地承包经营纠纷。

由此可见，征地补偿项目包括土地补偿款、安置费和青苗费等，征地补偿款是否到位是被征地群众最关心的问题。在淮北市征地补偿标准中，分为多个档次，根据土地级别和土地用途，补偿标准不一，从每亩5万到12万都有。农民拿到补偿款后，如果对金额有异议，可以向当地土地管理部门反映情况。