南京市五项社会保障基金及住房公积金的最低缴纳金额规定如下：

1．医疗保险的最低缴纳基数设定为人民币叁仟零叁拾圆整。

2．生育保险的最低缴纳基数同样设定为人民币叁仟零叁拾圆整。

3．基本养老保险的最低缴纳基数亦设定为同额，即人民币叁仟零叁拾圆整。

4．失业保险的最低缴纳基数同样设定为相同数值，即人民币叁仟零叁拾圆整。

5．工伤保险的最低缴纳基数也设定为人民币叁仟零叁拾圆整。

6．住房公积金的最低缴纳基数则设定为人民币贰仟零贰拾圆整。

《社会保险法》第六十条

用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。

职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴，用人单位应当按月将缴纳社会保险费的明细情况告知本人。

无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，可以直接向社会保险费征收机构缴纳社会保险费。

《住房公积金管理条例》第二十条

单位应当按时、足额缴存住房公积金，不得逾期缴存或者少缴。