无效合同已被履行的处理方式为：1、当事人因该无效合同取得的财产，应当予以返还。不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿；2、有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。根据2021年1月1日起施行生效的《中华人民共和国民法典》第一百五十七条规定，民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。

购房合同开发商违约金限制无效怎么办？

1、开发商违约时，如果商品房买卖合同对违约金作出了规定，或者法律对违约金作出了直接规定，那么开发商就需要承担违约金。至于开发商违约金的具体计算方式，则可以由商品房买卖合同约定，没有约定时，按照法律规定确定。

2、商品房购房合同纠纷与其他买卖合同纠纷一样，购房者要求开发商支付违约金时，不仅需要证明开发商存在违约的证据，还得证明其实际的损失，否则就可能得不到违约金，或者得到的违约金不足以弥补损失。

《中华人民共和国民法典》第一百五十七条民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。