我国刑事诉讼法第五章审判监督程序第二百零五条第三款明确规定了审判监督程序抗诉。在司法实践中，检察机关在履行这一监督权时法院往往做如下处理:下级检察机关通过复查已经发生法律效力刑事判决、裁定的案件，发现确有错误，按照审判监督程序提请上级检察机关向同级法院抗诉，上级检察机关经审查认为提请抗诉理由成立，遂向同级法院抗诉。同级法院如采取指令原生效裁判的法院再审，并且原审法院作出了维持原判的结果，实际上变成了下级法院驳回上级检察机关的抗诉权，这种做法极为不当。

一、指令再审违背了我国刑事诉讼管辖原则。我国刑事诉讼法确立了同级审判、二审终审和最高检察院、上级检察院对下级人民法院发生法律效力的裁判抗诉的纠错程序的原则。其次是我国刑事诉讼法第二百零五条第四款明确规定了指令再审的情形，检察院抗诉的案件，接受抗诉的法院应当组成合议庭重新审理，对于原判决事实不清或者证据不足的，可以指令下级法院再审。也就是说检察机关按照审判监督程序抗诉的案件，接受抗诉的法院经审理认为原审事实不清或证据不足时，才能指令下级法院再审。司法实践中，接受抗诉的法院对检察机关审判监督程序抗诉的案件不符合这一条件也采用指令下级法院再审的做法明显违反刑事诉讼法规定。

二、指令再审变相剥夺了上级检察机关的抗诉权。刑事诉讼法赋予最高人民检察院和上级检察院审判监督程序抗诉权的目的是加强审判监督，对确有错误生效的刑事裁判进行纠正。这是中国特色检察监督的重要内容。检察机关通过这类抗诉确实纠正了一批已经生效刑事裁判错误的案件，维护了法律的正确实施。实践证明检察机关的这种审判监督抗诉能够有效防止审判活动中的腐败现象，切实保障人权，维护法律的权威。而司法实践中上级法院对检察机关按照审判监督程序抗诉的案件以指令再审的做法，实际上变成了下级法院审理上级检察机关抗诉的案件，维持原判的裁定实际上是下级法院驳回上级检察院的抗诉权。指令再审按照原审程序审理案件，现行法律和司法解释中没有对这类案件审理的程序规定，以致在再审庭审中检察机关出庭的检察人员职责不清，法庭审理应当如何审理程序不明，没有保障检察机关的抗诉权的实际履行。

三、指定再审不利于检察机关的审判监督。我国刑事诉讼法第五章规定的审判监督程序是对审判权的一种监督，包括上级法院对下级法院的监督和检察机关的监督。特别是检察机关的审判监督抗诉其作用更加明显，能够有效防止司法不公。司法不公是当前人民群众普遍关注的热点。检察机关按照审判监督抗诉的案件绝大多数是下级检察院提请上级检察院抗诉，上级检察院经审查并经同级检察委员会讨论决定后才向同级法院抗诉，经过两级检察院审查和两级检察院检察委员会研究。指令再审，原审法院经审理维持原判的结果严重挫伤检察机关审判监督的积极性。有的案件原审时就通过了同级法院审判委员会，要他们否定自身错误很难，这也是绝大多数指令再审抗诉案件维持原判的原因，极不利于检察机关的审判监督权的行使。

因此，对于检察机关审判监督抗诉的案件应当在刑事诉讼法中明确规定，由接受抗诉的法院进行审理，并进一步明确规定这类案件的审理程序。对于符合刑事诉讼法第二百零五条第四款规定情形，应当进一步明确规定，接受抗诉的法院应当以裁定方式先撤销原判，再指令下级法院再审。