海关行政复议有利于防止和纠正海关违法或不当的具体行政行为。海关行政复议制度的确立，完善了海关的自我监督机制，明确了海关内部和上下级海关之间的监督责任和监督与被监督的地位，强化了海关依法监督的守法意识和自律观念，为防止海关违法及不当具体行政行为设置了一个法律屏障，也为海关纠正其违法及不当具体行政行为提供了一个法律救济手段。经过复议，如果海关具体行政行为合法的，决定予以维持;如果海关具体行政行为适用法律、法规不正确，或事实不清，或违反法定权限和程序的，依法决定撤销或予以变更。

海关行政复议有利于保护海关相对人的合法权益。海关行使监管职能的一个显著特征就是海关单方面意思表示的强制性管理，海关相对人处于被管理和服从的被动地位。通过行政复议，给海关相对人提供了一个变被动为主动的机会，从积极的方面运用行政司法手段实现权利，保护合法权益。通过行政复议，及时、妥善地解决争议，尽快减低违法和不当行为造成的损失和其他不良影响，使海关相对人的合法权益得到行政领域内的尽可能的切实保护。

通过海关行政复议，还有助于发现海关监管、征税、查私等活动中的疏忽和漏洞，吸取教训，提高海关具体行政行为的质量。同时通过行政复议解决海关争议，也减轻了法院受理海关行政案件的压力。