1、法院对案件实体审理作出的判决发生法律效力后，如果当事人对管辖权异议的裁定和判决一并申诉的，法院经过复查，发现管辖权是有错误，但判决是正确的，应当不再再审，以减轻当事人的诉累；如果经审查，认为裁定和判决均有错误，经过再审和提审，撤销原判决和裁定，将案件移送有管辖权的人民法院审理。

2、当下级法院对当事人提出的管辖权异议作出裁定且发生法律效力而对案件尚未作出判决之前，上级法院如果发现该管辖权异议的终审裁定确有错误时，可以依照审判监督程序处理，即以职权裁定撤销该错误裁定并将案件移送到有管辖权的人民法院处理。

3、同时新增了法院对管辖权异议案件的处理，即法院可以提起审判监督程序，对管辖错误的案件提起再审。

（1）当事人不服管辖权异议裁定的上诉案件由海事法院所在地的高级人民法院负责海事海商案件的审判庭审理。

（2）发生法律效力的管辖权异议裁定违反海事案件专门管辖确需纠正的，人民法院可依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百九十八条规定再审。

《民事诉讼法》第一百九十八条，各级人民法院院长对本院已经发生法律效力的判决、裁定、调解书，发现确有错误，认为需要再审的，应当提交审判委员会讨论决定。

一、有哪些不存在再审问题

1、如果当事人在一审中没有提出管辖权异议，或逾期不提出，法院不予审议的，就不存在对管辖权异议申诉；

2、当事人在规定的期限内提出管辖权异议，后又在裁定前表示接受受诉，视为自动放弃异议，案件审理后再提出异议的，法院不再审议；不存在申诉问题。

3、二审法院驳回管辖权异议的裁定发生法律效力后，当事人就法院的管辖权问题申诉后，不影响法院对案件的实体审理。

二、二审能否提出管辖权异议

二审期间原则上不能提出管辖权异议，但如果因级别管辖和专属管辖而提出异议，则属例外情况。

《根据中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十七条规定，人民法院受理案件后，当事人对管辖权有异议的，应当在提交答辩状期间提出。人民法院对当事人提出的异议，应当审查。异议成立的，裁定将案件移送有管辖权的人民法院；异议不成立的，裁定驳回。当事人未提出管辖异议，并应诉答辩的，视为受诉人民法院有管辖权，但违反级别管辖和专属管辖规定的除外。