一般情况下，工程合同纠纷3年后还可以起诉，但是起诉方会因为合同过了诉讼时效而丧失胜诉机会。合同当事人向法院请求保护民事权利的诉讼时效通常是3年。诉讼时效从权利人知道，或需要知道权利受到损害和义务人起算。但是从权利受到损害起超过了20年的，法院不会再保护该权利。

建设工程合同纠纷类型

工程施工中容易出现合同纠纷，这些纠纷争议焦点主要突出表现在七个方面：

1、施工合同的效力问题；

2、合同无效是否应进行结算；

3、备案合同和“补充协议”即黑白合同不一致，在结算时应采纳哪一份合同作为结算的依据问题；

4、对于建设部推荐施工合同版本通用条款中涉及的发包方逾期不结算是否视为认可送审价的问题；

5、工程款结算采取何种标准的问题；

6、诉讼中，造价司法鉴定（司法审价）的范围；

7、关于工程质量、工期、农民工利益等问题。

《中华人民共和国民法典》第一百八十八条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护；有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。