一、处理工程合同无效的有效方式

处理工程合同无效的有效方式如下：

1．施工完毕且验收合格的可以按照合同约定价款或者按照实际结算，价款差额不予支付；

2．施工完毕但验收不合格的经修复验收合格按照上述办法结算，经修复验收不合格不予支付；

3．尚未施工完毕合同被确认无效的应当停止施工，视已经完成的工程量是否合格依据上述办法结算。

根据《民法典》第七百九十三条建设工程施工合同无效，但是建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。

建设工程施工合同无效，且建设工程经验收不合格的，按照以下情形处理：

（一）修复后的建设工程经验收合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用；

（二）修复后的建设工程经验收不合格的，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。

发包人对因建设工程不合格造成的损失有过错的，应当承担相应的责任。

二、民法典建筑工程合同纠纷诉讼时效是多久

民法典建筑工程合同纠纷诉讼时效是三年。法律另有规定的，依照其规定。

《中华人民共和国民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

三、工程承包合同纠纷应该如何处理好

工程承包合同纠纷应该处理好的方式如下：

1．和解或调解

发生建设工程承包合同争议时，当事人可以自行协商和解，或者通过第三者进行调解。

2．仲裁

3．诉讼

如果建设工程承包合同当事人没有在合同中订立仲裁条款，发生争议后也没有达成书面的仲裁协议，或者达成的仲裁协议无效，合同的任何一方当事人，包括涉外合同的当事人，都可向人民法院提起诉讼。

《中华人民共和国民法典》：第九章　诉讼时效　　第一百八十八条　向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。\n　　诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。