行政机关对当事人的行政许可申请进行审查的具体程序规定如下：申请人提交的申请材料齐全、符合法定形式，行政机关能够当场作出决定的，应当当场作出书面的行政许可决定。根据法定条件和程序，需要对申请材料的实质内容进行核实的，行政机关应当指派两名以上工作人员进行核查。

行政许可都是依申请吗

一般是要依申请的。申请人提出申请，是行政许可的前提条件，是申请人从事某种特定行为之前必须履行的法定义务。行政许可是依申请的行政行为，行政机关遵循“原则”的原则，申请程序因相对人行使其申请权而开始。申请权是一种程序上的权利，相对人有权通过合法的申请，要求行政机关作出合法的应答。无论申请人在实体法上是否符合获得许可的条件在程序上都享有该权利。《中华人民共和国行政许可法》第二十九条公民、法人或者其他组织从事特定活动，依法需要取得行政许可的，应当向行政机关提出申请。申请书需要采用格式文本的，行政机关应当向申请人提供行政许可申请书格式文本。申请书格式文本中不得包含与申请行政许可事项没有直接关系的内容。申请人可以委托代理人提出行政许可申请。但是，依法应当由申请人到行政机关办公场所提出行政许可申请的除外。行政许可申请可以通过信函、电报、电传、传真、电子数据交换和电子邮件等方式提出。

《中华人民共和国行政许可法》第三十四条

行政机关应当对申请人提交的申请材料进行审查。

申请人提交的申请材料齐全、符合法定形式，行政机关能够当场作出决定的，应当当场作出书面的行政许可决定。

根据法定条件和程序，需要对申请材料的实质内容进行核实的，行政机关应当指派两名以上工作人员进行核查。