以补充协议为准。因为补充协议可以视为合同双方主体对合同的变更协商一致了，不过这个新的约定一定要明确约定，不能模棱两可。补充协议中一般都会在尾部写明“原合同与本补充协议不一致的，以补充协议为准。”值得注意的是，原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。

一、合同补充协议需要注意什么

合同补充协议需要注意：

1、双方的基本信息需要全面具体；

2、说明制定补充协议的原因；

3、协议补充的内容或变更的内容。补充合同约定与主合同约定发生冲突时，以后期约定条款为准执行。因此，补充合同的效力优于主合同的效力。后期约定实际上是对主合同原约定的重新修订，新约定是补充合同的精髓和实质。

二、补充协议跟原合同关系冲突？

补充协议条款与原合同不一致或发生冲突的，应当以补充协议为准。订立补充协议时一般都会在尾部写明“原合同与本补充协议不一致的，以补充协议为准。”如果是原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。

三、补充协议与签订原合同之间有冲突吗

补充协议与原合同通常会有冲突，补充协议是对原合同的补充或者变更，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，一般以补充协议为准。但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。

根据2021年实施的《民法典》第五百一十条规定，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。