依据我国《刑事诉讼法》的规定，侦查机关是可以对犯罪嫌疑人采取强制措施的，如果采取刑事拘留或者逮捕的，会将犯罪嫌疑人移送到看守所进行羁押，而羁押是有一定期限的。

犯罪嫌疑人如果被羁押的，侦查机关会收集相关的犯罪证据，如果在收集证据的过程中，犯罪的证据不足的，在羁押的期限内应该变强强制措施或者对犯罪嫌疑人进行释放，超期羁押的是属于侵害当事人利益的行为，当事人可以依据《国家赔偿法》的规定，申请国家赔偿，维护自己的利益。

刑事案件可以申请国家赔偿的情形：

1、对当事人进行刑事拘留超过期限的，超出期限后撤销案件、不起诉或者宣告无罪的;

2、对公民采取逮捕措施后，超出逮捕的期限，撤销案件、作出不起诉决定或者宣告无罪的;

3、法院的原判决已经执行，但启动审判监督程序后改判成无罪的;

4、对公民强制措施后，侦查机关有刑讯逼供等情形，对公民身体造成侵害的等。

通过以上的分析，侦查机关违反法律的规定，对公民进行超期羁押的，并且由于证据不足撤销案件、作出不起诉决定或者判决无罪的，公民是可以依法申请国家赔偿的。