犯罪嫌疑人自首后有以下程序：对犯罪嫌疑人进行询问。写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定。人民检察院针对起诉意见书、案卷材料进行审查作出是否起诉的决定。提起公诉后由人民法院进行评议。

一、检察院批捕后的程序怎么走

检察院批捕后的程序如下：1、检察院批捕后，由公安部门继续进行刑事侦查，并且侦查羁押期限不能超过两个月，案情复杂的可以向上一级人民检察院批准延长一个月；2、公安侦查终结后，写起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定；3、人民检察院审查案件，应当在一个月以内作出决定。

二、刑事案件被批捕后的流程

在侦查阶段，公安机关报请检察院批捕之后，公安机关继续刑事侦查。对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期不得超过两个月。案件复杂、期限届满不能终结的案件，可以经上一级人民检察院批准后延长一个月。

公安机关侦查终结的案件，应当将起诉意见书，连同案卷资料、证据一并移送同级人民检察院审查起诉，也就是案件进入审查起诉阶段。

三、服刑期间发现漏罪怎么办

在监狱服刑的罪犯被公安机关发现漏罪的情形，有两种处理方式：由公安机关提请人民检察院批准逮捕然后再审查起诉；公安机关侦查完毕后移送检察机关直接审查起诉，在服刑期间又犯罪的，应当由监狱进行侦查，侦查终结后，由监狱写出起诉意见书，连同案件材料、证据一并移送人民检察院处理。