个人投资两个或两个以上独资、合伙企业缴纳个人所得税如下所示：个人投资两个或两个以上独资、合伙企业的，投资者个人应分别向企业实际经营管理所在地税务部门预缴个人所得税，年度终了后办理汇算清缴。主要有两种情况：

(1)投资者兴办的企业全部是个人独资企业的，分别向各企业实际经营管理所在地税务部门办理年度纳税申报，并依其投资的全部个人独资企业的经营所得确定适用税率，以本企业实际生产经营所得为基础，计算应缴税款，办理汇算清缴。

计算公式为：应纳个人所得税税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数应纳税所得额=各个独资企业应纳税所得额的合计数本企业投资者应纳税额=应纳个人所得税税额×本企业应纳税所得额÷各个独资企业应纳税所得额的合计数本企业投资者应补缴的个人所得税税额=本企业投资者应纳个人所得税税额-本企业投资者预缴个人所得税税额(2)投资者兴办企业中有合伙企业的，将投资者在合伙企业中应分配的应纳税所得额与其投资于独资企业的应纳税所得额合并，确定应纳个人所得税税额。投资者应向经常居住地税务部门申报纳税，办理汇算清缴;对于经常居住地与其兴办企业的经营管理所在地不一致的，应选定其参与兴办的某一合伙企业经营管理所在地办理汇算清缴，并且在5年内不得变更。