一、合作协议违约赔偿应该如何处理

合作协议违约，双方在协议中有规定违约赔偿的就按约定进行赔偿，有约定定金作为债权的担保则收取定金。当事人既约定违约金，又约定定金的，一方违约时，对方可以选择适用违约金或者定金条款。定金不足以弥补一方违约造成的损失的，对方可以请求赔偿超过定金数额的损失。

二、合作协议违约赔偿要交税吗？

个人因对方违反经济合同而取得的违约金，属于经济或财产损失的补偿性收入，因此，对该项收入不征收个人所得税。

但是，如果是企业之间因合作协议违约而取得的赔偿收入，则要视情况而定。根据《企业所得税法》，企业因违约而取得的赔偿金属于营业外收入，应并入企业应纳税所得额中征收企业所得税。

因此，企业因合作协议违约而取得的赔偿收入需要交税，而个人因合作协议违约而取得的赔偿收入则不需要交税。

三、合作协议违约赔偿需要什么证据

合作协议违约赔偿需要的证据包括：

1．合同文件：这是证明双方权利义务的重要证据，需要提交原件或复印件。

2．履行证据：这包括违约方交付物品、提供服务等实际履行证据，以及收货、签收单据等相关证明文件。

3．通讯记录：包括双方之间的书面通讯、口头协商等记录，以证明双方对合同内容的认识和了解。

4．证人证言：如有证人能够证明违约方存在违约行为，需要出示证人证言。

5．专家鉴定：如果争议对象涉及技术、质量等方面，需要进行专家鉴定。

这些证据需要能充分证明违约行为的存在、损失的大小以及违约行为与损失之间的因果关系。在收集证据的过程中，建议咨询专业律师的意见，以确保证据的完整性和合法性。