一、分公司员工的个人所得税在什么地方缴纳

1、扣缴义务人的确定。

根据《个人所得税法》第八条“个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人”之规定。

另，据国税函1996602号规定第三条，对扣缴义务人按以下标准认定：

三、关于扣缴义务人的认定

扣缴义务人的认定，按照个人所得税法的规定，向个人支付所得的单位和个人为扣缴义务人。由于支付所得的单位和个人与取得所得的人之间有多重支付的现象，有时难以确定扣缴义务人。为保证全国执行的统一，现将认定标准规定为：凡税务机关认定对所得的支付对象和支付数额有决定权的单位和个人，即为扣缴义务人。

2、纳税地点的确定。

根据《税收征收管理法实施细则》第十三条“扣缴义务人应当自扣缴义务发生之日起30日内，

向所在地的主管税务机关申报办理扣缴税款登记，领取扣缴税款登记证件”。据此，扣缴义务人应当在其所在地缴纳代扣之税款。

3、结论：应在扣缴义务人所在地的主管税务机关缴纳。而扣缴义务人的确定，还需要税务机关的认定。因此，是总公司还是分公司为扣缴义务人，需要具体问题具体分析，不能一概而论。

二、分公司的法律地位

公司根据生产经营的需要，可以设立分公司。分公司是相对于总公司而言的，它是总公司的组成部分。分公司不论是在经济上还是在法律上，都不具有独立性。分公司的非独立性主要表现在以下方面：

一是分公司不具有法人资格，不能独立享有权利、承担责任，其一切行为的后果及责任由总公司承担;

二是分公司没有独立的公司名称及章程，其对外从事经营活动必须以总公司的名义，遵守总公司的章程;

三是分公司在人事、经营上没有自主权，其主要业务活动及主要管理人员由总公司决定并委任，并根据总公司的委托或授权进行业务活动;

四是分公司没有独立的财产，其所有资产属于总公司，并作为总公司的资产列入总公司的资产负债表中。

基于上述特性，《公司法》第14条明确规定了分公司的法律地位，即：分公司不具有企业法人资格，其民事责任由总公司承担。设立分公司，应当向分公司所在地的公司登记部门登记，分公司在登记后应当领取分公司的营业执照。

三、个人所得税起征点

2018年8月31日，第十三届全国人民代表大会常务委员会第五次会议《关于修改〈中华人民共和国个人所得税法〉的决定》，将个税免征额由3500元提高到5000元。

11月报10月的个税，适用5000元新的费用标准和新的税率表;10月申报9月的个税，还是适用3500元旧的费用标准和旧的税率表。

《全国人民代表大会常务委员会关于修改的决定》(2018年8月31日第十三届全国人民代表大会常务委员会第五次会议通过)：自2018年10月1日至2018年12月31日，纳税人的工资、薪金所得，先行以每月收入额减除费用五千元以及专项扣除和依法确定的其他扣除后的余额为应纳税所得额，依照本决定第十六条的个人所得税税率表一(综合所得适用)按月换算后计算缴纳税款，并不再扣除附加减除费用;个体工商户的生产、经营所得，对企事业单位的承包经营、承租经营所得，先行依照本决定第十七条的个人所得税税率表二(经营所得适用)计算缴纳税款。