1、不是所有的企业所得税纳税人都必须进行汇算清缴。实行核定定额征收企业所得税的纳税人不进行汇算清缴。

2、不是所有的企业都必须在年度终了后汇算清缴。《企业所得税法》第五十五条规定，企业在年度中间终止经营活动的，应当自实际经营终止之日起60日内，向税务机关办理当期企业所得税汇算清缴。企业应当在办理注销登记前，就其清算所得向税务机关申报并依法缴纳企业所得税。《企业所得税法》第五十三条规定，企业所得税按纳税年度计算。纳税年度自公历1月1日起至12月31日止。企业在一个纳税年度中间开业，或者终止经营活动，使该纳税年度的实际经营期不足12个月的，应当以其实际经营期为一个纳税年度。企业依法清算时，应当以清算期间作为一个纳税年度。这就是说，2009年1月1日～5月31日期间，只是截止到2008年12月31日仍存续企业的企业所得税汇算清缴时间。而2008年12月31日前已终止经营活动的企业，应当自实际经营终止之日起60日内，向税务机关办理当期企业所得税汇算清缴。例如，某企业因故在2008年12月20日终止了其经营活动，那么该企业应当自2008年12月20日起60日内，向税务机关办理当期企业所得税汇算清缴。

3、不要以为新税法实施以前的有关企业所得税所有文件都已作废。《国家税务总局关于做好2008年度企业所得税汇算清缴工作的通知》(国税函[2009]55号)第三条就“有关企业所得税政策和征管问题”规定，对新税法实施以前财政部、国家税务总局发布的企业所得税有关管理性、程序性文件，凡不违背新税法规定原则，在没有制定新的规定前，可以继续参照执行;对新税法实施以前财政部、国家税务总局发布的企业所得税有关的政策性文件，应以新税法以及新税法实施后发布的相关规章、规范性文件为准。

4、汇算清缴时未纳税的人民币以外的货币所得部分，执行2008年12月31日的人民币汇率中间价。《企业所得税法实施条例》第一百三十条第一款规定，企业所得为人民币以外的货币的，预缴企业所得税时，应当按照月度或者季度最后一日的人民币汇率中间价，折合成人民币计算应纳税所得额。年度终了汇算清缴时，对已经按照月度或者季度预缴税款的人民币以外的货币，不再重新折合计算，只就全年未缴纳企业所得税的人民币以外的货币所得部分，按照纳税年度最后一日的人民币汇率中间价，折合成人民币计算应纳税所得额。

5、汇算清缴时应缴应退的税款，必须在汇算清缴期限内结清。《企业所得税法》第五十四条第三款规定，企业应当自年度终了之日起5个月内，向税务机关报送年度企业所得税纳税申报表，并汇算清缴，结清应缴应退税款。而原《企业所得税暂行条例实施细则》第五十三条规定，纳税人在年终汇算清缴时，少缴的所得税税额，应在下一年度内缴纳;纳税人在年终汇算清缴时，多预缴的所得税税额，在下一年度内抵缴。因此，新税法对汇算清缴时应缴应退税款规定的处理时限，企业一定要记准。否则，企业很容易引来不必要的经济损失。