怀孕三个月孩子的抚养权由双方协商，协商不成的，由人民法院根据子女的权益和双方的具体情况判决。一般情况下，哺乳期的孩子由母亲抚养，有特殊情况的除外。

一、两个孩子如何共同拥有抚养权

两个孩子共同抚养权的取得可以由双方协商确定，对方同意的，可以取得孩子共同抚养权。若协商不成法院判决的，一般情况只能取得一个孩子的抚养权，但是如果这两个孩子均为不满2周岁的婴儿的，母亲一方可以取得两个孩子的共同抚养权。

二、非婚生子女的抚养权如何保障的

非婚生子女，由哪一方抚养，双方协商;协商不成时，应根据子女的利益和双方的具体情况判决。哺乳期内的子女，原则上应由母专方抚养，如父方条件好，母方同意，也可由父方抚属养。1、非婚生的子女，在两岁以前通常由母亲抚养，除非母亲患有传染性疾病或者是其他比较严重的疾病，孩子不适合与其一起生活的。2、如果母亲或者父亲身体健康，且能够为孩子的成长提供良好条件，并且长期与孩子生活在一起的一方，在争夺抚养权方面更有优势，因为对于成长期的孩子，法院一般不会轻易改变其成活环境。3、如果孩子已经年满十岁之后，可以遵从孩子的意愿，并在各方面因素的考量下，将孩子的抚养权判给父母之间其中一方。4、如果孩子一直是由其祖父母或者是外祖父母抚养，他们也有能力、意愿帮助自己的孩子抚养孙辈子女的，法院将会对抚养孩子的一方做优先考虑。

三、离婚后孩子抚养权怎么处理

离婚后对于孩子抚养权的处理，其基本原则是“有利于子女健康成长”。

1、哺乳期内的子女由母亲抚养为原则。

2、哺乳期后的子女由谁抚养的问题。首先应由父母双方协商确定，协商不成的，由人民法院根据双方的情况判决。