《财政部、国家税务总局关于在上海市开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2011〕111号)附件1《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》第二十四条规定，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：

(一)用于适用简易计税方法计税项目、非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、接受加工修理修配劳务或者应税服务。其中涉及的固定资产、专利技术、非专利技术、商誉、商标、著作权、有形动产租赁，仅指专用于上述项目的固定资产、专利技术、非专利技术、商誉、商标、著作权、有形动产租赁。

第二十五条规定，非增值税应税项目，是指非增值税应税劳务、转让无形资产(专利技术、非专利技术、商誉、商标、著作权除外)、销售不动产以及不动产在建工程。

非增值税应税劳务，是指《应税服务范围注释》所列项目以外的营业税应税劳务。

不动产，是指不能移动或者移动后会引起性质、形状改变的财产，包括建筑物、构筑物和其他土地附着物。

纳税人新建、改建、扩建、修缮、装饰不动产，均属于不动产在建工程。

个人消费，包括纳税人的交际应酬消费。

固定资产，是指使用期限超过12个月的机器、机械、运输工具以及其他与生产经营有关的设备、工具、器具等。

非正常损失，是指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失，以及被执法部门依法没收或者强令自行销毁的货物。

根据上述规定，厂房设计建设服务，属于用于不动产在建工程，其对应进项税额不得抵扣。设备设计服务进项税额准予抵扣。

对于问题所述情形，在合同中无法分清厂房设计服务与设备设计服务的价款。对方按照工时，将价款进行划分，并向贵公司开具两张增值税专用发票。如果该工时合理，贵公司取得的设备部分对应进项税额准予抵扣。如果工时分配不合理，税务机关可按合理方法对该业务进行重新划分。

鉴于对方可分清各项服务价款，可在合同中列明各项金额，按合同所列内容取得发票。