人民法院依法扣押抵押财产的孳息处理如下：

1、抵押财产的孳息分为天然孳息和法定孳息。天然孳息是指根据自然规律产生的收入，如树木结果、牲畜产生的幼畜；法定孳息是指出租人收取的租金等依法工资产生的收入；

2、抵押设立后，抵押财产的占有权、使用权和收益权仍由抵押人行使。毫无疑问，它的孳息应该归抵押人所有；

3、但债务人未履行到期债务或者当事人约定实现抵押权，导致抵押财产被人民法院依法扣押的，此时的孳息不能归抵押人所有。否则会变相鼓励抵押人拖延抵押财产的处理，不利于保护抵押人的利益；

4、抵押财产被扣押后，自然孳息的取得不涉及第三人，但法定孳息的取得依赖于义务人的支付。

抵押权人未通知应当偿还法定孳息的义务人扣押事实的，义务人不能将孳息交付给抵押权人，抵押权的效力不能低于孳息。

抵押财产孳息如何处理

抵押权设立后，抵押财产的占有权、使用权和收益权仍由抵押人行使。其孳息应归抵押人所有。但是，债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现抵押权的情形，致使抵押财产被人们法院依法扣押的，此时的孳息不能归抵押人所有。

《中华人民共和国民法典》第四百五十二条留置权人有权收取留置财产的孳息。

前款规定的孳息应当先充抵收取孳息的费用。