合并后的公司章程修改的流程的如下：

1、由公司董事会作出修改公司章程的决议，并提出章程修改草案。

2、股东会对章程修改条款进行表决。

3、公司章程的修改涉及需要审批的事项时，报政府主管机关批准。

4、公司章程的修改涉及需要登记事项的，报公司登记机关核准，办理变更登记；未涉及登记事项，送公司登记机关备案。

5、公司章程的修改涉及需要公告事项的，应依法进行公告。

一、社团章程的修改程序

社团章程的修改程序如下：

1、由公司董事会作出修改公司章程的决议，并提出章程修改草案；

2、股东会对章程修改条款进行表决。有限责任公司修改公司章程，须经代表三分之二以上表决权的股东通过，股份有限公司修改章程，须经出席股东大会的股东所持表决权的三分之二以上通过；

3、公司章程的修改涉及需要审批的事项时，报政府主管机关批准。如股份有限公司为注册资本而发行新股时，必须向国务院授权的部门或者省级人民政府申请批准；属于向社会公开募集的，须经国务院证券管理部门批准；

4、公司章程的修改涉及需要登记事项的，报公司登记机关核准，办理变更登记；未涉及登记事项，送公司登记机关备案；

5、公司章程的修改涉及需要公告事项的，应依法进行公告。如公司发行新股募足股款后，必须依法定或公司章程规定的方式进行公告；

6、修改章程需向公司登记机关提交“股东会决议”及“章程修正案”，若涉及登记事项，须有公司法人签章方可完成变更。

二、股权变更所需提供的文件及资料

股权变更所需文件有：

(1)公司法定代表人签署的变更登记申请书;

(2)依照公司法作出的变更决议或者决定;

(3)国家工商行政管理总局规定要求提交的其他文件。公司变更登记事项涉及修改公司章程的，应当提交由公司法定代表人签署的修改后的公司章程或者公司章程修正案。变更登记事项依照法律、行政法规或者有关部门决定规定在登记前须经批准的，还应当向公司登记机关提交有关批准文件。

(4)涉及股权转让和交换的需要签订股权转让合同书，需要新旧股东签字。

(5)变更后股东为夫妻的，需要补签夫妻财产分割证明。