针对商用店铺租赁协议产生的纠纷问题，我们可以首先寻求当地社区委员会（居委会）协助调解，通过调解来化解矛盾；同时，也有权利根据法律法规请求司法机构的援助，将该争议上诉至相应级别的法院，由法院依照现行法律条文对案件做出公正、合理的裁决。在涉及到因合同纠纷引起的诉讼案件中，如果合同未能得到严格履行，并且双方当事人都不在合同规定的执行地居住，那么应该由被告实际居住地区的基层法院负责对此类案件进行管辖和审理。

《中华人民共和国民法典》第七百零七条租赁期限六个月以上的，应当采用书面形式。当事人未采用书面形式，无法确第七百零七条租赁期限六个月以上的，应当采用书面形式。当事人未采用书面形式，无法确定租赁期限的，视为不定期租赁。定租赁期限的，视为不定期租赁。第七百一十条承租人按照约定的方法或者根据租赁物的性质使用租赁物，致使租赁物受到损耗的，不承担赔偿责任。第七百一十五条承租人经出租人同意，可以对租赁物进行改善或者增设他物。承租人未经出租人同意，对租赁物进行改善或者增设他物的，出租人可以请求承租人恢复原状或者赔偿损失。《中华人民共和国民事诉讼法》第二十三条因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。第一百一十九条起诉必须符合下列条件：（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；（二）有明确的被告；（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。