强奸证据不足情况下，公安机关会制作起诉意见书连同其他材料移送到检察机关，由检察机关决定起不起诉，而检察机关审查材料后，证据确实不足的，一般会作出不起诉的决定，如果被害人对不起诉决定不服的，可以在收到决定书七日内申请申诉。

如果告别人强奸是存在诬告陷害行为的，意图让被报案人承担刑事责任的，报案人的行为是违法犯罪的，情节严重的可以按诬告陷害罪追究刑事责任的。

告别人强奸如果证据不足的，检察机关一般是会作出不起诉决定的，而报案人对不起诉决定不服的可以申请申诉，但如果存在诬告陷害行为的，报案人要承担相应的法律责任。

一、不起诉的条件和程序是什么

1、绝对不起诉的适用条件是以下6种情形之一：

(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；

(二)犯罪已过追诉时效期限的；

(三)经特赦令免除刑罚的；

(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；

(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的；

(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。

2、相对不起诉的适用必须符合以下三个条件：

(一)人民检察院认为犯罪嫌疑人的行为已经构成犯罪，应当负刑事责任；

(二)犯罪行为情节轻微；

(三)依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚。

3、适用存疑不起诉应当具备以下条件：

(一)案件经过补充侦查；

(二)定罪证据不足；

(三)不符合起诉条件。

刑事案件不起诉程序为：

1、制作不起诉决定书。

2、不起诉决定书的宣布和送达。

3、解除扣押、冻结。

4、移送有关主管机关处理。

5、对公安机关的意见进行复议、复核。

6、对被害人、被不起诉人的申诉进行复查。

二、引起故意伤害罪的证据不足应该怎么办

故意伤害案证据不足的处理方法如下：

1、公安机关在侦查阶段证据不足的，可以依法进行补充侦查；

2、检察机关收到公安机关移送的材料后，认为故意伤害案件证据不足的，可以责令公安机关补充侦查，补充侦查后证据仍然不足的，可以作出不起诉的决定；

3、人民法院审理刑事案件后，如果证据不足的，可以宣告被告人无罪，并且当庭释放被告人。