1、不起诉表明刑事诉讼程序的终止。人民检察院作出不起诉决定，即表明不将案件移送法院审判，刑事诉讼在起诉环节终止，犯罪嫌疑人不再处于被追究刑事责任的状态。如果在押，应立即释放；财产被扣押、冻结的，应予以解除；需由行政机关处理的，应移送行政机关。尽管被害人、被不起诉人有权提出申诉，公安机关有权申请复议、复核，但在变更不起诉决定前，刑事诉讼仍处于终止的状态。

2、不起诉是人民检察院对案件在程序上的处理。刑事诉讼法规定：“未经人民法院判决，对任何人都不得确定有罪。”这表明人民法院具有专属定罪权。免予起诉取消后，人民检察院不再具有实际上的定罪权，不起诉本质上是人民检察院放弃诉权而非进行实体处理。尽管人民检察院对案件事实及其性质作了认定，但这种认定不具有终局性，故只具有程序价值。另一方面，不起诉决定作出后，被害人有权提起自诉，也表明案件的实体性问题并未因不起诉而得到解决。如果不起诉具有定罪效力，人民法院对被害人的自诉进行审判，就违背了针对同一事实对被告人不得进行两次定罪的原则，这也反证了不起诉并不具有实体处分的效力。

3、不起诉终止诉讼的效力是相对的。不起诉决定作出后，并不表明被不起诉人将不会因同一事实再受刑事追究，在符合一定条件下，人民检察院仍可以提起公诉，使刑事诉讼得以继续。在这点上，不起诉与刑事判决的效力不同：人民法院的判决一经确定，即产生实体上的效力，根据一事不再理的原则，不得对该案再行起诉；而不起诉因其尚未解决案件实体问题，如果又发现符合起诉条件，可以再行起诉。

4、不起诉是因放弃诉权而作出的无罪认定。不管是法定不诉、酌定不诉还是存疑起诉，其法律后果都是不确认有罪。基于无罪推定原则，被不起诉人属无罪。对于酌定不诉，因其适用条件是“犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚”，容易使人理解为对被不起诉人作了有罪认定。但“犯罪情节轻微”只是指控机关的认定意见，不具有定罪效力，因此，酌定不诉与其他两种不诉一样，都是在作无罪认定的同时终止诉讼。不起诉的无罪认定与人民法院所作的无罪判决性质上也不同：后者是对被告人作出无罪的实体确认后终结诉讼，前者则是在没有进入实体确认的审判阶段就终止诉讼，是因程序上公诉机关放弃诉权而形成的无罪，两者终止诉讼的原因不同。

不起诉制度的性质

在刑事诉讼发展史上，关于不起诉制度有起诉法定主义和起诉便宜主义之说。中国现行刑事诉讼法，基本是以起诉法定主义为主，兼顾起诉便宜主义。17这实际上是兼顾了起诉法定主义与起诉便宜主义的长处，以使诉讼程序更为合理和科学。不起诉是公诉的组成部分，与修改前的刑事诉讼法相比，不起诉的情况有了很大变化，例如，绝对不起诉在过去的做法是以撤销案件来处理的，相对不起诉过去是以免予起诉处理的。而增设存疑不起诉，保留追诉权，即检察机关认为证据不足，不符合起诉条件，如果有新的证据符合起诉条件，检察机关仍可以起诉。长期以来，中国法学界和司法部门对于1979年刑事诉讼法规定的免予起诉存在较大的争议，多数人认为检察机关免予起诉的决定职能相当于法院作出的确认有罪但免除刑罚的判决，这样，赋予作为国家法律监督机关的检察机关这种定罪免诉的权力显然是行使了人民法院的职能，客观上破坏了法律的权威。因此，中国在1996年修订刑事诉讼法时，立法者充分考虑了司法部门和专家学者的意见，取消了免予起诉，确立了相对不起诉，即赋予检察机关根据案件实际情况灵活处理便宜行事的权力。检察机关对于犯罪情节轻微，但依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，享有决定是否起诉的自由裁量权这样就将原来可以适用免予起诉的对象纳入不起诉的范围，在原有的不起诉制度中增加新的内容，可见，不起诉内涵扩大了，形式更多元化了，形成了适合中国国情的不起诉制度。

不起诉制度作为检察机关和受害人独有的一项职权，体现了中国“区别对待”和“惩办与宽大”相结合的刑事政策。其理论渊源是起诉便宜主义是指公诉方依据法律的授权，基于刑事惩诫的目的和权衡各种利益，对其所审查起诉的刑事案件，选择是否做出控诉以停止刑事程序的原则。起诉便宜主义是与起诉法定主义相对应的刑事诉讼原则，从性质上看，起诉法定主义更似属起诉方职权原则，是一种相对于起诉主体的追诉义务，起诉便宜主义是从起诉的内容着手，更注重起诉后果、起诉效力，以及不同的刑事政策而便宜起诉。在现代刑事诉讼中，基于各种刑事政策权衡和增强诉讼效率的要求，绝对的起诉法定主义已无法在各国刑事诉讼中实现。起诉便宜主义在各国刑事诉讼中都有了直接的体现，起诉便宜主义与起诉法定主义并存相济已成定势。中国起诉制度的改革也基本上是遵循这一思路进行的。