1、DNA相似度

亲子鉴定主要通过对被测者的DNA进行比对来判断亲子关系的真伪。DNA是人体内最基本的遗传物质，爷爷和孙子之间会有一部分共同的DNA序列，但也会有不同的部分。鉴定结果主要依赖于相同的DNA序列比例，而爷爷和孙子之间的DNA相似度相对较低，可能导致鉴定结果的不准确性。

此外，由于亲缘关系中存在一代的差距，爷爷和孙子的DNA序列相似度可能会受到其他因素的干扰，比如基因突变等。因此，仅仅通过DNA序列的比对来判断亲子关系的真伪可能存在一定的误差。

2、基因分析

除了DNA序列的比对，亲子鉴定还可以通过基因分析来确定亲子关系。基因分析可以检测被测者的基因型和等位基因频率，通过比对不同基因座的遗传信息，可以得出爷爷和孙子之间的亲子关系。

然而，基因分析方法在爷爷和孙子之间的亲子鉴定中也存在一定的局限性。一方面，基因座的选择和样本数量的限制可能会影响鉴定结果的可靠性。另一方面，由于爷爷和孙子之间存在一代的差距，基因表达可能会受到环境和遗传因素的影响，从而对鉴定结果产生一定的干扰。

3、遗传特征

爷爷和孙子之间的亲子鉴定还可以通过遗传特征来判断。亲子关系中存在遗传特征的传递，比如皮肤颜色、眼睛形状等。通过对爷爷和孙子的遗传特征进行观察和比较，可以初步判断他们之间是否存在亲子关系。

然而，遗传特征的表现受到基因和环境因素的共同影响，存在一定的不确定性。此外，遗传特征的观察和比较也需要准确的数据和足够的样本数量，才能得出较为可靠的鉴定结果。

4、辅助证据

除了上述的方法，爷爷和孙子之间的亲子鉴定还可以通过辅助证据来判断。比如家谱记录、照片和亲属证词等。这些辅助证据可以提供更多关于亲子关系的信息，从而加强鉴定结果的可信度。

然而，辅助证据的可靠性也需要进行评估，比如家谱记录的真实性和照片的时效性等。只有在充分考虑了各种辅助证据的情况下，才能对爷爷和孙子之间的亲子关系做出较为准确的判断。

综上所述，亲子鉴定爷爷和孙子存在一定的困难和限制性。虽然可以通过DNA相似度、基因分析、遗传特征和辅助证据等方法来进行鉴定，但由于亲缘关系中存在一代的差距和遗传因素的干扰，鉴定结果可能不够准确。因此，在进行亲子鉴定时，需要综合考虑各种因素，并结合多种方法进行判断，才能得出较为可靠的鉴定结果。

总结：

爷爷和孙子之间的亲子鉴定存在一定的困难和限制性。虽然可以通过DNA相似度、基因分析、遗传特征和辅助证据等多种方法进行判断，但鉴定结果可能不够准确。因此，在进行亲子鉴定时，应综合考虑各种因素，并结合多种方法进行判断，以确保鉴定结果的可靠性。