1、引发两种纠纷的行为发生的时间不相同

发明专利授权后，未经专利权人许可擅自使用专利的行为，才可能导致侵权纠纷的发生;而产生临时保护期使用费的纠纷，顾名思义，则发生在专利临时保护期内，即专利申请公开后授权前这段时间。

2、两种纠纷解决的法律依据不同

专利侵权纠纷解决的依据是专利法第十一条的规定，而专利临时保护期使用费纠纷解决的依据是专利法第十三条的规定。

3、这两种纠纷的诉讼时效的起算时间不同

专利侵权纠纷的诉讼时效自专利权人知道或者应当知道侵权行为发生时开始起算;而要求支付临时保护期使用费的，自专利权人得知或者应当得知他人使用其发明之日起计算，但是，专利权人于专利权授予之日前即已得知或者应当得知的，自专利权授予之日起计算。

4、《民事案件案由规定》将两种纠纷单独规定为两种独立的案由

08年4月1日，最高院颁布的新的《民事案件案由规定》在第五部分第143条中的第3项和第7项分别规定了侵犯发明专利权纠纷和发明专利临时保护期使用费纠纷两种独立的案由。