聚众扰乱社会秩序罪的惩罚是对首要分子，处三年以上七年以下有期徒刑；对其他积极参加的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。聚众扰乱社会秩序罪是指聚众扰乱社会秩序，情节严重，致工作、生产、营业、教学、科研和医疗无法进行，造成严重损失的行为。

聚众扰乱社会秩序罪立案标准

1、行为人有聚众扰乱社会秩序的行为，是构成本罪的关键。此处必须同时符合两点：其一，要有扰乱社会秩序的行为，即干扰和破坏党政机关、企事业单位或人民团体正常的工作、生产、营业和教学、科研秩序；其二，扰乱社会秩序的行为必须是以聚众的方式实施的，即纠集三人以上有组织、有计划地进行扰乱。至于扰乱过程中是否使用暴力，不影响本罪的成立。

2、聚众扰乱社会秩序，必须是情节严重，致使工作、生产、营业和教学、科研无法进行，造成严重损失，方能构成本罪。情节严重，实践中一般可从扰乱时间的长短、聚众人数多少、扰乱的对象的性质和侵害后果是否严重等予以认定。

《中华人民共和国刑法》第二百九十条聚众扰乱社会秩序，情节严重，致使工作、生产、营业和教学、科研、医疗无法进行，造成严重损失的，对首要分子，处三年以上七年以下有期徒刑；对其他积极参加的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。聚众冲击国家机关，致使国家机关工作无法进行，造成严重损失的，对首要分子，处五年以上十年以下有期徒刑；对其他积极参加的，处五年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。多次扰乱国家机关工作秩序，经行政处罚后仍不改正，造成严重后果的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制。多次组织、资助他人非法聚集，扰乱社会秩序，情节严重的，依照前款的规定处罚。