无证运输卷烟立案标准为：非法经营数额在五万元以上，或者违法所得数额在二万元以上的；非法经营卷烟二十万支以上的；曾因非法经营烟草专卖品三年内受过二次以上行政处罚，又非法经营烟草专卖品且数额在三万元以上的。存在上述情节之一的，应予立案追诉。

无证运输卷烟立案标准的法律依据

《最高人民检察院公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》第七十九条

［非法经营案（刑法第二百二十五条）］违反国家规定，进行非法经营活动，扰乱市场秩序，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：（二）违反国家烟草专卖管理法律法规，未经烟草专卖行政主管部门许可，无烟草专卖生产企业许可证、烟草专卖批发企业许可证、特种烟草专卖经营企业许可证、烟草专卖零售许可证等许可证明，非法经营烟草专卖品，具有下列情形之一的：

1、非法经营数额在五万元以上，或者违法所得数额在二万元以上的；

2、非法经营卷烟二十万支以上的；

3、曾因非法经营烟草专卖品三年内受过二次以上行政处罚，又非法经营烟草专卖品且数额在三万元以上的。