1、借条协议公证费用收取后可能会退还，如果预收取的费用高于核定的公证费，则需要退还高出的部分。

相关法律规定：《公证程序规则》

第二十二条公证机构受理公证申请后，应当按照规定向当事人收取公证费。公证办结后，经核定的公证费与预收数额不一致的，应当办理退还或者补收手续。对符合法律援助条件的当事人，公证机构应当按照规定减收或者免收公证费。

2、因公证处的责任不能出具公证书或撤销公证书的，预收或已收的公证服务费应全部退还申请人

相关法律规定：《公证服务收费管理办法》

第八条公证处为申请人提供公证服务，依照规定的收费标准向申请人收取公证服务费，并向申请人出具收费票据。公证员个人不得私自收费。

第九条公证处向申请人收取公证服务费，可在受理公证事项时预收，也可以与申请人约定在承办公证事项期间分期收取。

第十条已受理的公证事项，申请人要求撤回的，按规定收取手续费。因公证处的责任不能出具公证书或撤销公证书的，预收或已收的公证服务费应全部退还申请人；因公证处和申请人双方责任而撤销公证书的，应按照责任的大小退还部分费用。因申请人提供伪证及举证不实而不能出具公证书的，预收的公证服务费不予退还。

一、公证处违规收取公证费用的处罚

《公证服务收费管理办法》

第十三条公证处应当严格执行国家规定的公证服务收费标准，明码标价，接受社会监督。

第十四条公证处有下列价格违法行为之一的，由价格部门的价格监督检查机构依法查处：

(一)擅自提高收费标准的；

(二)扩大收费范围的；

(三)自立名目滥收费的；

(四)不按规定明码标价的；

(五)不如实提供价格检查所需资料的；

(六)违反本办法的其他价格违法行为。