企业遗失劳动合同的，有以下处理方式：

1、劳动合同既然在劳动局进行了备案，可到劳动局复印一份，并让劳动局加盖公章。

2、也可让劳动者提供一份复印件由劳动者签字，单位盖章。

这样就能保证档案的完整性，最关键的是要严格按劳动法和劳动合同法执行，避免出现劳资纠纷。

一般同一单位相同岗位的员工权利义务基本都一致，且依据规定员工也应当持有一份，如考虑到员档案的完整性，也可向该员工提出对其持有的劳动合同进行复印，便让其签字确认即可。

公司劳动合同纠纷怎么办

1、协商

合同当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式。

2、调解

合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解如，一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。

3、仲裁

合同当事人协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。

4、诉讼

如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到法院，寻求司法解决。除了上述一般特点之外，有些合同还具有其自愿的特点，如涉外合同纠纷，解决时可能会援引外国法律、而不是中国相关的合同方面的法律。

《劳动合同法》第十六条，劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。