对于恶意损毁小区树木的行为进行相应的惩罚是每个城市都应该有所关注的：

由城市绿化行政主管部门勒令其立刻停止侵害，采取补救措施，种植相同种类以及数量的树木，并且还可能会接收到罚款的处罚。在属非经营活动的情况下，针对个人罚款金额一般不超过200元，而单位则一般被罚1000元以下；如果构成了经营活动且依法获取了业务收入，那么罚款的数额最多可以达到违法所得数目三倍，但是总罚款数额不得超过30000元；即便没有获得营业利润，罚款金额也不会少于10000元。

同时，如果所造成的损失无法修复或难以全部弥补的话，那么责任人必须对此承担赔偿责任。

《城市绿化条例》第二十条

任何单位和个人都不得损坏城市树木花草和绿化设施。砍伐城市树木，必须经城市人民政府城市绿化行政主管部门批准，并按照国家有关规定补植树木或者采取其他补救措施。

第二十六条

违反本条例规定，有下列行为之一的，由城市人民政府城市绿化行政主管部门或者其授权的单位责令停止侵害，可以并处罚款；造成损失的，应当负赔偿责任；应当给予治安管理处罚的，依照《中华人民共和国治安管理处罚法》的有关规定处罚；构成犯罪的，依法追究刑事责任：

（一）损坏城市树木花草的；

（二）擅自砍伐城市树木的；

（三）砍伐、擅自迁移古树名木或者因养护不善致使古树名木受到损伤或者死亡的；

（四）损坏城市绿化设施的。