变更法人债权债务由变更后的公司承担。相关法律规定，公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。

处理公司变更法人债权债务纠纷协议的办法

1、尽职调查、协议约定、出让方对或有债务（隐性债务）提供保证、担保

2、进行资产评估，同时关注表外因素。尤其应注意或有债务的可能性

3、可以通过协议方式对债权债务作出约定，如果没有约定则一并转让

4、几种情况区分的意义：首先要明确整体转让的具体方式，不同的并购目的采取不同的方式，则不同的方式产生不同的法律后果。通常认为有三种基本模式

（1）通过受让股权，成为公司股东，改组公司董事会和经理层。该模式下，交易主体是有限公司的股东，当然不会继承出让方的债权债务，但是公司的债务仍然由该公司承担。

（2）购买该公司的核心资产。普通的资产买卖协议，交易的主体是该公司，只要在买卖协议中列明你购买的核心资产（如生产线、设备、厂房等），则受让方不会继承出让方的债权债务。

（3）公司合并。交易主体是公司，此时受让方继承出让方的债权债务。

《中华人民共和国公司法》第三条公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。